Según Jaime Álvarez, el topónimo “Bomboná” proviene de la lengua quechua y quiere decir “Sierra de León”, significado que no es totalmente aceptado por otros investigadores . Señala Díaz del Castillo que “no creemos que el toponímico Bomboná tenga relación con el quechua, ya por la fonética y terminaciones de esa lengua que no se presentan en el nombre Bomboná” . En criterio de Sergio Elías Ortiz, el topónimo Bomboná viene del quillacinga “Bomoná”, que equivale a “tierra rica” o “tierra de oro”. Sin ánimo de tomar posición en el debate etimológico, el término también alude a la hacienda San Antonio de Bomboná, ubicada en el municipio de Consacá (a 50 kilómetros de San Juan de Pasto), propiedad que perteneció entre otros, al capitán Nicolás Rosero de Solís y López Vásquez; al capitán Jerónimo del Castillo, al comenzar el siglo XVIII, por compra del inmueble en 1699; a Thomás de Santacruz Cayzedo, quien la adquirió en remate público en 1804 .