Su primer libro, en el que se refiere a la historia de la educación en el país, fue publicado en 1979. Desde ese momento, siguió escribiendo sin descanso para dejar una extensa obra dentro de los que se encuentran, Dos viajes por la Orinoquia (con Fray José de Calasanz), Los bombardeos de El Pato, Del Llano llano, Selva adentro, A lomo de mula, Viajes al corazón de las Farc, Apaporis, Siguiendo el corte: relatos de guerras y de tierras, Los años del tropel, Trochas y fusiles, Ahí les dejo esos fierros , La tierra del caimán(con Constanza Ramírez), Así mismo, El tapón del Darién” (con Constanza Ramírez),Rebusque mayor, Relatos de mulas, traquetos y embarques, Desterrados, Penas y cadenas, Espaldas mojadas, Del otro lado, Otros rumbos, Dignidad campesina, De río en río, El destino de la luz. Alfredo Molano supo describir y denunciar, sin miedo ni fundamentalismos, sucesos esenciales en la historia de la violencia en el país. Por sus denuncias fue amenazado de muerte por el paramilitarismo, por lo cual vivió exiliado durante cinco años en Barcelona y dos en Estados Unidos becado por la Universidad de Stanford donde fue profesor visitante.