El palacio Arzobispal fue blanco de varios atentados en 1862 y 1886. Sin embargo, el 9 de abril de 1948, día del asesinato de Jorge Eliécer Gaitán y producto de las revueltas y los saqueos ocurridos en el centro de Bogotá, la casa fue incendiada y derrumbada por completo. El Banco de la República decidió entonces adquirir los terrenos y emprender la labor de reconstrucción del lugar partiendo de fotografías aéreas e imágenes de la fachada original. Hacia 1955 es alquilada a la Corte Suprema de Justicia, y en 1979 se convierte en la Hemeroteca Luis López de Mesa. Luego de la toma del Palacio de Justicia en noviembre de 1985, la casa vuelve a fungir como Corte Suprema de manera temporal. En la década de los noventa, la casa se transforma en área de exposiciones de arte y en oficinas para la Subgerencia Cultural del Banco de la República. En el año 2000 y tras la donación de las 208 obras de Fernando Botero, la casa fue nuevamente reformada para convertirse en la sede permanente del Museo Botero.