Las obras de Fernando Botero son exhibidas en el costado opuesto de la casa, es decir el costado occidental, dispuestas de acuerdo al tamaño y a la técnica, motivo por el cual aparecen salas de óleo a gran formato, salas de dibujo, acuarela y pastel, una sala de obras en formato pequeño y una sala de esculturas en bronce y mármol. El Museo Botero hace parte de la Manzana Cultural del Banco de la República, por lo cual se conecta con el Museo de Arte Miguel Urrutia y con el Museo Casa de Moneda.